Trotz der Bedenken von Two verwickelt Six die Crew in die Rebellion einer Kolonie der Traugott Corporation. Nachdem eine Explosion den Anführer der Rebellen tötet, verhandelt Six mit dem Sicherheitskommando der Traugott und überzeugt sie, zu verhandeln statt zu kämpfen, aber ein Kolonist erschießt heimtückisch den Anführer des Kommandos und entfacht damit die Kämpfe neu. Als der blutrünstige General, der Anführer der Anti-Corporate-Rebellion (zu der Six früher gehörte, wie in Staffel 1 enthüllt wurde), ankommt und versucht, das Kommando über die Kolonie zu übernehmen und sie in seine Bewegung einzugliedern, erschießt Six ihn. Six beschließt daraufhin, auf der neuen unabhängigen Kolonie zu bleiben, da er glaubt, dort am meisten Gutes tun zu können. Er wird auf der Raza durch Adrian (Tabor Calcheks ehemaliger Assistent) und seinen Leibwächter Solara ersetzt. In der Zwischenzeit entdeckt der Androide, dass Sarahs Bewusstsein im Schiffscomputer erhalten ist, hochgeladen von Five. Ryo schickt Söldner, um den Blink-Antrieb zurückzuerobern und seine ehemaligen Freunde zu töten.
Die Raza erreicht auf der Suche nach Tabor Calchek eine Traugott-Kolonie und erfährt, dass er sich unerlaubt entfernt hat und die Nachricht von seinem Lehrling Adrian Maro an sie geschickt wurde. Die Raza-Mitglieder finden sich inmitten des Unabhängigkeitskampfes der Kolonisten wieder, die der Unterdrückung durch Traugott überdrüssig sind. Sei überredet sie, eine gewaltfreie Revolution anzustreben und überzeugt den Garnisonskommandanten, den Planeten ohne Gewalt zu verlassen. Einige Kolonisten machen jedoch einen Überraschungsangriff auf die Garnison, da sie sich für das rächen wollen, was sie über die Jahre hinweg erlitten haben, und töten den Kommandanten, wodurch sich die Dinge zuspitzen. Die Soldaten greifen die Kolonisten an und zwingen sie, sich zu ergeben, aber die Mitglieder der Raza überzeugen sie, ihre Waffen niederzulegen. Auf der Kolonie trifft zu diesem Zeitpunkt der General, Anführer des Procyon-Aufstandes, ein, der sich als Architekt der gescheiterten Verhandlungen erweist und die Kolonisten überzeugt, sich seiner Sache anzuschließen. Die Raza-Mitglieder beschließen, sich zurückzuziehen, aber als sie entdecken, dass der General Traugotts Soldaten tötet, kehren sie zurück und Sei tötet den General kaltblütig und beschließt dann, auf dem Planeten zu bleiben, um der Führer zu sein, den die Kolonisten brauchen. Die anderen Mitglieder der Raza verlassen den Planeten und nehmen Adrian und seine Leibwächterin Solara Shockley mit. Währenddessen bemerkt der Androide, dass Five es geschafft hat, Sarahs Bewusstsein in eine virtuelle Realität im Schiffscomputer zu transferieren und informiert die anderen.
Sechs Menschen erwachen auf einem Raumschiff, aber haben keine Ahnung, wer sie sind. Sie werden dann von einem Androiden und später von einem anderen Schiff angegriffen. Im Laufe der Serie erfahren die Crewmitglieder mehr über sich und ihre Beziehungen zueinander. Stets bleibt ein Misstrauen den anderen gegenüber und es bilden sich wechselnde Allianzen der Crewmitglieder mit- und gegeneinander. Dennoch erledigen sie gemeinsam riskante Aufträge, um Treibstoff und Proviant zu bekommen, immer auf der Flucht vor der „Galactic Authority“.
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