Clark Kent alias Superman und seine Frau Lois Lane kehren nach dem Tod von Clarks Mutter mit ihren Söhnen Jonathan und Jordan von Metropolis nach Smallville zurück, wo sie auf Clarks alte Freundin Lana Lang, deren Ehemann Kyle Cushing und ihre Tochter Sarah treffen. Während Lois beim Daily Planet kündigt, weil ihr Chef Morgan Edge ihrer Meinung nach etwas Böses im Schilde führt, und bei der Smallville Gazette anfängt, beginnt Jordan rudimentäre Superkräfte, wie sie sein Vater hat, zu entwickeln, deren Beherrschung ihm anfänglich sehr schwerfällt; sein Bruder Jonathan scheint keine Kräfte zu haben. Superman bekommt es derweil mit dem mysteriösen Captain Luthor zu tun, dessen Erde von einem anderen Superman zerstört wurde. Daher setzt er sich zum Ziel, den Superman dieser Erde zu töten. Neben Captain Luthor erscheint der Unternehmer Morgan Edge als Gegner, denn er stattet normale Menschen durch X-Kryptonit mit ähnlichen Superkräften aus, wie sie Clark hat, und verfolgt damit zunächst unbekannte Absichten. Captain Luthor alias John Henry Irons wird zum Verbündeten gegen Morgan Edge, der sich als Halbbruder Tal-Rho von Clark entpuppt; Tal-Rho plant im Auftrag seines Vaters Zeta-Rho die Übernahme der Erde durch Kryptonier, deren Geist in Menschen übertragen werden soll.
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