Die Disciples schalten Sheidhedas Wachen aus und verletzen den dunklen Kommandanten schwer. Während der Suche nach der Flamme beginnt eine Sonnenfinsternis und Emori senkt den Schild des Sanctum, so dass die betroffenen Käfer angreifen und Knight töten, als er versucht, in den Reaktor einzubrechen. Das Gift bewirkt, dass Gabriel Josephine Lightbourne halluziniert, die ihn drängt, die Flamme zu reparieren und sie zur Rettung der Menschheit einzusetzen. Nikki versucht, sich an Raven zu rächen, beschließt aber schließlich, Raven mit dem zu leben, was sie getan hat. Indra und Sheidheda arbeiten zusammen, um zu entkommen. Nachdem sie die Wahrheit über den Wechsel ihrer Mutter auf Sheidhedas Seite erfahren hat, beschließt Indra, den Dunklen Kommandanten an seinen Wunden sterben zu lassen, anstatt ihn direkt zu töten.
Gabriel beginnt damit, die Eligius-Technologie zu benutzen, um die Flamme zu reparieren, ändert aber seine Meinung und zerstört sie stattdessen für immer. Clarke übernimmt die Kontrolle über die Situation, tötet Doucette und zwingt Cadogan, die Anomalie für ihre Freunde zu öffnen und mit Raven, Jackson, Madi, Emori, Indra und Murphy hindurchzureisen, aber Sheidheda weist Bellamy auf Madis Skizzenbuch hin, das den Beweis enthält, dass sie die Erinnerungen der Kommandanten hat. Da Bellamy sich weigert, sich zurückzuhalten, tötet Clarke widerwillig ihren besten Freund und zieht sich durch die Anomalie zurück, ist aber gezwungen, Madis Skizzenbuch zurückzulassen.
Siebenundneunzig Jahre nach einer verheerenden nuklearen Apokalypse, die das meiste menschliche Leben auf der Erde ausgelöscht hat, leben Tausende von Menschen in einer Raumstation, die die Erde umkreist und die sie Arche nennen. Drei Generationen wurden im Weltraum geboren, doch als die Lebenserhaltungssysteme auf der Arche zu versagen beginnen, werden einhundert jugendliche Häftlinge zur Erde geschickt, um in einem letzten Versuch festzustellen, ob sie bewohnbar ist, oder um zumindest die Ressourcen für die verbleibenden Bewohner der Arche zu retten. Sie entdecken, dass einige von ihnen die Apokalypse überlebt haben: die Grounders, die in Clans leben, die in einen Machtkampf verwickelt sind; die Reapers, eine andere Gruppe von Grounders, die von den Mountain Men in Kannibalen verwandelt wurden; und die Mountain Men, die in Mount Weather leben und von denen abstammen, die sich vor der Apokalypse eingeschlossen haben. Unter der Führung von Clarke und Bellamy versuchen die Jugendlichen, die harten Bedingungen auf der Oberfläche zu überleben, feindliche Erdlinge zu bekämpfen und die Kommunikation mit der Arche herzustellen.
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