Einige Monate nach der Entführung von Octavia und Diyoza kommt Dev, ein Gefangener der Jünger, in Skyring an und freundet sich mit Hope an: Die beiden planen, die Jünger bei ihrer Rückkehr in 10 Jahren in einen Hinterhalt zu locken, um Bardo zu erreichen und Octavia und Diyoza zu retten. Der Plan geht jedoch schief und Dev wird getötet, so dass Hope gezwungen ist, allein weiterzumachen. In der Gegenwart sind Gabriel, Echo und Hope gezwungen, auf die Rückkehr der Jünger zu warten, und müssen feststellen, dass sie in Kasten aufgeteilt sind und einen bestimmten Hirten als die Gottheit verehren, die sie vor der Zerstörung der Erde bewahrt hat. Der Gefangene Orlando, der dort in Einzelhaft sitzt, bildet sie aus, so dass sie fünf Jahre später die Jünger angreifen können, aber Echo weigert sich, Orlando weiter zu vertrauen und überlässt ihn Skyring; Orlando begeht später Selbstmord.
In Sanctum untersucht Raven, verfolgt von den Todesfällen, die sie verursacht hat, die Rüstung eines Jüngers, den Echo getötet hatte, und entdeckt, dass die Anomalie ein Wurmloch ist. Die Jünger fordern Clarkes Auslieferung und erklären, dass sie den Schlüssel zum Sieg über "den Krieg, der alle Kriege beenden wird", besitzt. Raven rettet ihre Freunde mit Hilfe der Jünger-Rüstung und nimmt Clarke, Jordan, Niylah und Miller mit durch die Anomalie, um nach ihren vermissten Freunden zu suchen; Gaia bleibt zurück, wird aber von einem überlebenden Jünger angegriffen, der den Stein der Anomalie deaktiviert und Gaia mit sich zieht.
Siebenundneunzig Jahre nach einer verheerenden nuklearen Apokalypse, die das meiste menschliche Leben auf der Erde ausgelöscht hat, leben Tausende von Menschen in einer Raumstation, die die Erde umkreist und die sie Arche nennen. Drei Generationen wurden im Weltraum geboren, doch als die Lebenserhaltungssysteme auf der Arche zu versagen beginnen, werden einhundert jugendliche Häftlinge zur Erde geschickt, um in einem letzten Versuch festzustellen, ob sie bewohnbar ist, oder um zumindest die Ressourcen für die verbleibenden Bewohner der Arche zu retten. Sie entdecken, dass einige von ihnen die Apokalypse überlebt haben: die Grounders, die in Clans leben, die in einen Machtkampf verwickelt sind; die Reapers, eine andere Gruppe von Grounders, die von den Mountain Men in Kannibalen verwandelt wurden; und die Mountain Men, die in Mount Weather leben und von denen abstammen, die sich vor der Apokalypse eingeschlossen haben. Unter der Führung von Clarke und Bellamy versuchen die Jugendlichen, die harten Bedingungen auf der Oberfläche zu überleben, feindliche Erdlinge zu bekämpfen und die Kommunikation mit der Arche herzustellen.
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